湖南中医药大学于1981年创建中西医结合学科，1986年获批中西医结合一级学科硕士学位授权点，1993年经湖南省教委批准成为全国首批开办中西医临床医学本科专业的高校，2003年成立中西医结合系并获批中西医结合临床博士学位授权点，2004年升格为中西医结合学院，并加挂中西医结合研究所，实现院所合一。

2008年获批湖南省特色专业，2009年获国家教育部特色专业，2017年获批中西医结合一级学科博士点。2019年获批国家教育部一流专业建设点。学院于2000年开设中医学(中西医临床医学方向)七年制本硕连读专业，2020年开始招收中医学专业(“5+3"一体化，卓越中西班)八年制。2022年中西医结合一级学科第五轮学科评估获B等次。2024年我院中西医临床医学专业作为全国首批，高质量通过教育部中西医临床医学专业试点认证。同年，开始招收中西医临床医学专业（拔尖班、5加4一体化）以及中西医临床医学专业（农村免费定向班）。

学校现为教育部中西医结合类专业教学指导委员会副主任委员单位、中国中西医结合学会教育工作委员会副主任委员单位。现学院下设办公室、科教科、学生管理科3个行政科室，共有中西医结合内、外、妇、儿、五官、流行病学与统计学、科研方法与循证医学7个教研室和1个基础理论研究室，1个中西医结合一体化实训中心，3个省部级实验平台：中西医结合心脑疾病防治湖南省重点实验室，湖南省中西医结合心脑疾病精准防治工程技术研究中心，国家中医药管理局分子病理三级实验室。

目前，学院在校全日制本科生1897人，硕士研究生90人，博士研究生111人。拥有中西医结合博士后科研流动站1个，中西医结合一级学科博士学位授权点1个，二级学科硕士学位授权点2个，形成了学士、硕士、博士和博士后于一体，教学、科研、临床全面发展的人才培养单位。

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